# Modelo cortical do Ateliê da lousa — atribuição e aviso

**Versão modificada pelo MedMastigada.** Os arquivos `cortex.glb` e `cortex.json` desta pasta
são obra derivada de dados do FreeSurfer (The General Hospital Corporation, "MGH") e NÃO são os
arquivos originais. Não representam o FreeSurfer nem o MGH, que não endossam este material.

All or portions of this licensed product (such portions are the "Software") have been obtained
under license from The General Hospital Corporation "MGH" and are subject to the terms and
conditions reproduced in `LICENSE-FreeSurfer.txt` (FreeSurfer Software License v1.0, Part B).

## Origem
- Superfície **fsaverage** (ico7, 163.842 vértices por hemisfério): superfície pial e profundidade
  de sulco (`sulc`) e a superfície **inflada** de mesma topologia — FreeSurfer, MGH.
  Cópias em GIFTI distribuídas pelo TemplateFlow (`tpl-fsaverage`, den-164k) e pelo nilearn
  (`fetch_surf_fsaverage('fsaverage')`, OSF `svf8k`). URLs e sha256 de cada arquivo:
  `scripts/cortex/sources.json` no repositório do site.
- Atlas **Destrieux 2009** (`aparc.a2009s`, 74 giros e sulcos por hemisfério) e atlas
  **Desikan-Killiany** (`aparc`, 34 regiões), como distribuídos com o fsaverage.

## O que foi modificado
1. Coordenadas convertidas de RAS (mm) para o espaço do glTF (+x = esquerda do paciente, +y =
   cranial, +z = anterior) e centradas na caixa dos dois hemisférios.
2. Malhas simplificadas (meshoptimizer 1.0.0), mantendo na resolução original todos os vértices de
   borda entre regiões.
3. Triângulos que cruzam uma borda de região foram cortados e o traçado das bordas foi alisado
   (o rótulo de cada triângulo é único) — as bordas NÃO coincidem vértice a vértice com o atlas
   original.
4. Superfície inflada guardada como alvo de *morph* e reposicionada ao lado da outra (fenda de
   6 mm entre hemisférios); `sulc` quantizado em 8 bits.
5. Rótulos do atlas renumerados pelo NOME (`cortex.json`), com nomes em português acrescentados
   pelo MedMastigada (**a conferir pelo editor na TA-SBA**) e grupos didáticos (ex.: "sulco lateral"
   = 3 rótulos de Destrieux). Na versão do fsaverage usada, a parede medial está como `Unknown`.
6. Compressão com gltfpack 1.0.0 (`EXT_meshopt_compression`, `KHR_mesh_quantization`).

Uso didático (ilustração anatômica). Conforme o item 4 da licença, os dados não foram revistos por
agência reguladora e não se destinam a uso clínico.

## Citações
- Fischl B, Sereno MI, Tootell RBH, Dale AM. High-resolution intersubject averaging and a
  coordinate system for the cortical surface. *Hum Brain Mapp*. 1999;8(4):272-284.
  doi:10.1002/(SICI)1097-0193(1999)8:4<272::AID-HBM10>3.0.CO;2-4
- Destrieux C, Fischl B, Dale A, Halgren E. Automatic parcellation of human cortical gyri and sulci
  using standard anatomical nomenclature. *NeuroImage*. 2010;53(1):1-15.
  doi:10.1016/j.neuroimage.2010.06.010
- Desikan RS, Ségonne F, Fischl B, et al. An automated labeling system for subdividing the human
  cerebral cortex on MRI scans into gyral based regions of interest. *NeuroImage*.
  2006;31(3):968-980. doi:10.1016/j.neuroimage.2006.01.021
- Ciric R, Thompson WH, Lorenz R, et al. TemplateFlow: FAIR-sharing of multi-scale, multi-species
  brain models. *Nat Methods*. 2022;19:1568-1571. doi:10.1038/s41592-022-01681-2

Como reconstruir: `scripts/cortex/README.md` no repositório do site.